管理学院前身为我国最早成立的系统工程系和系统工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科学家钱学森专程到校考察系统工程本科专业学生培养工作，并在上海机械学院系统工程研究所成立大会上发表讲话。12月，学校与美国麻省理工学院斯隆管理学院正式签订校际合作协议，这是改革开放后上海市最早的中外合作办学项目。

1981年，学院与美国麻省理工学院斯隆管理学院等高校合作，开始举办全英文授课硕士班。1983年美国《华尔街日报》发表专题报道，认为“此举开创了中国MBA教育的先河”。

1992年5月，系统工程系和系统工程研究所合并成立系统科学与系统工程学院。1999年5月，更名为管理学院。2004年，上海医疗专科学校管理系划归管理学院。2005年1月22日，由中国科学院系统科学研究所和上海理工大学合作组建，并由钱学森亲自题词命名的“上海系统科学研究院”在学校挂牌。

学校商学院始建于1988年，渊源可追溯到20世纪30年代的沪江大学城中区商学院。历代校友在商界建树颇多，影响遍及五洲。1997年，商学院与上海机械高等专科学校的管理系合并重组成立新的商学院。2006年1月，管理学院与商学院合并重组成立新的管理学院。2009年，学校城建学院交通工程研究所并入管理学院。

2018年5月，学院正式通过AACSB国际认证，学校成为大陆地区第20所通过AACSB国际认证的大学，标志着学院进入国际精英商学院序列。2020年12月，学院成为EFMD正式会员。2021年12月，学院正式加入PRME组织，成为中国（含港澳台地区）第28所签署高校。

学院下设10个系和2个中心，另设有中国机械工业会计审计研究中心、教育部国别和区域研究中心——中国周边经济研究中心、上海市人民政府发展研究中心——上海理工大学“基于互联网+的上海创新发展”决策咨询研究基地、“十四五”上海民政科研基地等研究机构。

学院已实现多类型、多层次办学模式。学科涉及四个学科门类：管理学门类下的管理科学与工程、工商管理、公共管理3个学科；经济学门类下的应用经济学1个学科；理学门类下的系统科学1个学科；工学门类下的交通运输工程、系统工程2个学科。

学院设有12个本科专业，一级学科博士学位授权点2个，一级学科硕士学位授权点6个，硕士专业学位授权点11个，博士后科研流动站2个。其中系统科学、管理科学与工程是上海市高水平学科，应用经济学（经济系统运行与控制）是上海市教委重点学科。在全国第四轮学科评估中“系统科学”排名第3，“管理科学与工程”排名第19。在全国第五轮学科评估中“系统科学”取得历史性突破，进入国家第一梯队，“管理科学与工程”继续保持领先优势。

汪应洛院士任院务委员会主任。目前学院有教职工277人，专任教师234人，其中国务院学科评议组成员2人，国家自然科学基金优秀青年基金1人，教育部高等学校管理科学与工程类专业教指委委员2人，全国优秀教师1人，教育部新世纪优秀人才支持计划2人，教育部霍英东基金青年教师1人，王宽诚育才奖1人，机械部跨世纪人才学术带头人2人，宝钢优秀教师3人，上海市青年拔尖人才1人，上海市领军人才1人，上海领军（海外）1人，上海市教育委员会曙光计划6人，上海市教育系统首届科研新星1人，上海市浦江人才计划10人，上海市育才奖3人，上海市青年科技启明星计划2人、上海市晨光计划2人、上海市扬帆计划6人，上海市超级博士后3人，科技智库青年人才计划2人。全院具有正高级职称人员33人，副高级职称100人，具有博士学位199人。

近三年，学院获批立项国家级项目33项，其中国家自科基金项目26项，国家社科基金项目7项，各类科研项目到款3843万元；发表A类论文832篇，SCI/SSCI论文538篇；有120多份咨询报告被全国政协、中办、中宣部、上海市委市政府等采纳，并获国家最高领导人、副国级领导人、上海市领导批示；出版专著35部、编著44部；完成发明专利25项；完成软件著作权36项；学生获市级以上重大奖项764项。

学院现有1个本科中美合作办学项目。2018年，与美国威斯康辛大学、法国布雷斯特商学院、美国新泽西州立罗格斯肯顿商学院签订了合作协议，每年邀请大量外籍教师来院为合作办学项目授课和讲学，选派大量学生赴境外学习交流，接收了来自瑞典、德国、美国等国家的国际交流生百余人来院学习。

（以上数据截止至2023年2月23日）